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治疗婴儿睡眠呼吸暂停可能需要一台仪器来提供呼吸支持，也可能需要药物治疗。这些通常是短期治疗。
婴儿睡眠呼吸暂停综合征往往随着孩子成长成熟会逐渐消失。98%的早产儿在受孕满40周后其睡眠呼吸暂停综合征症状会消失。怀孕不足28周即出生的婴儿其睡眠呼吸暂停综合征症状可能持续的时间更长。
任何导致婴儿得睡眠呼吸暂停或加重的内科疾病也需要治疗，治疗方法取决于疾病的性质。
长期并发症对大多数患有婴儿睡眠呼吸暂停的儿童来说是少有的，而对经常需要抢救的婴儿更有可能。如果婴儿睡眠呼吸暂停是与另一种严重的内科疾病相关，则出现健康问题也更常见。